Jabatan Kehakiman Syariah Negeri Sembilan (JKSNS) ditubuh berdasarkan kepada Sek.41(1) dan (2), Enakmen Pentadbiran Hukum Syarak Negeri Sembilan pada 1960. Pada ketika itu dinamakan Mahkamah Kadi yang ditadbir dibawah pentadbiran Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan (JHEAINS).

Pada tahun 1986, telah berlaku penyusunan semula Mahkamah dan dinamakan Mahkamah Syariah.Pada tahun 1991, Mahkamah Syariah telah diasingkan dari pengurusan JHEAINS dan mempunyai pentadbiran sendiri yang dinamakan Jabatan Kehakiman Syariah Negeri Sembilan.

JKSNS terdiri daripada Mahkamah Rayuan, Mahkamah Tinggi dan 7 buah Mahkamah Rendah. Mahkamah Rayuan, Mahkamah Tinggi dan Mahkamah Rendah Seremban  terletak di kawasan yang sama di Seremban manakala Mahkamah Rendah yang lain terletak didaerah-daerah iaitu Kuala Pilah, Tampin, Jelebu, Jempol, Port Dickson dan Rembau. Pusat pentadbiran JKSNS beroperasi di Mahkamah Tinggi Syariah.

Jabatan Kehakiman Syariah Negeri Sembilan bertanggungjawab mengurus perjalanan kes Mal dan kes Jenayah di semua peringkat Mahkamah; Mahkamah Rendah Syariah,Mahkamah Tinggi Syariah dan Mahkamah Rayuan Syariah berdasarkan bidangkuasa yang diberikan di bawah Enakmen Undang-Undang Keluarga Islam (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Pentadbiran Agama Islam (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Tatacara Mal Mahkamah Syariah (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Keterangan Mahkamah Syariah (Negeri Sembilan) 2003, Enakmen Tatacara Jenayah Syariah (Negeri Sembilan ) 2003.